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title: "Tamizajes de Covid-19 en la CDMX"
output: 
  flexdashboard::flex_dashboard:
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    vertical_layout: scroll
    theme: lumen
    social: ["twitter", "facebook", "menu"]
    source_code: embed
---

```{r setup, include=FALSE}
library(flexdashboard)
library(data.table)
library(tidyverse)
library(plotly)
library(DT)
```

```{r include=FALSE}
tamizajes <- fread("https://datos.cdmx.gob.mx/explore/dataset/tamizajes-cdmx/download/?format=csv&timezone=America/Mexico_City&lang=es&use_labels_for_header=true&csv_separator=%2C")
uuid <- data.frame(table(tamizajes$uuid))
uuid <- arrange(uuid, Freq)
uuid_igual_1 <- filter(uuid, Freq == 1)
uuid_mayor_1 <- filter(uuid, Freq != 1)
tamizajes$fecha_salida <- as.Date(tamizajes$fecha_salida)
tamizajes <- tamizajes[with(tamizajes, order(-tamizajes$fecha_salida)), ] 
tamizajes <- distinct(tamizajes, uuid, .keep_all = T)
s_grave <- filter(tamizajes, tamizajes$resultado_coronavirus_fase_2 == "Sospechoso grave")
s_grave$alcaldia <- replace(s_grave$alcaldia, s_grave$alcaldia == "", "NA")
n_graves <- nrow(s_grave)
```


Evidencia de casos sospechosos graves
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Column {.sidebar}
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Sobre este informe:

El resumen que se presenta a continuaión, está elaborado a partir de la información referente a los registros del uso del servicio SMS-COVID.

El servicio consiste en un cuestionario que se puede contestar vía web, mensaje SMS o teléfono y la información es recabada por el [Gobierno de la Ciudad de México](https://www.cdmx.gob.mx/).

Toda la información utilizada en este informe es pública. Está registrada como de [Libre Uso](https://datos.gob.mx/libreusomx) bajo los [Términos de Libre Uso MX](https://datos.gob.mx/libreusomx) de los [Datos Abiertos del Gobierno de México](https://datos.gob.mx/) y es compatible con la [licencia Creative Commons, Attribution 4.0 International (CC BY 4.0)](https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/legalcode.es).

Datos disponibles en:

https://datos.cdmx.gob.mx/explore/dataset/tamizajes-cdmx/table/


Última actualización: `r format(Sys.Date(), format = "%B %d, %Y")`.



Column
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### Número de casos sospechosos graves

```{r}
valueBox(n_graves, icon="fa-frown", color = "#FF0000")
```


### Número de casos sospechosos graves por sexo

```{r}
Sex<-as.data.frame(s_grave$sexo)
Sexo<-as.data.frame(table(Sex=Sex))
Sexo$Sex<-as.character(Sexo$Sex)
Sexo$Freq<-as.numeric(Sexo$Freq)
colnames(Sexo) <- c("Sexo", "Frecuencia")
p_sexo <- ggplot(Sexo, aes(x=Sexo, y=Frecuencia, fill=Sexo)) +
  geom_bar(stat="identity", alpha=.6, width=.6) +
  scale_fill_brewer(palette = "Set2") +
  xlab("Sexo") +
  ylab("Número de casos") +
  theme_bw()
ggplotly(p_sexo)
```

> Fuente: Elaboración propia con datos del Gobierno de la CDMX


### Número de casos sospechosos graves por edad

```{r message=FALSE, warning=FALSE, paged.print=FALSE}
p_edad <- ggplot(s_grave,aes(x=edad,fill=sexo))+
  geom_bar(position="dodge", alpha=.6, width=.6)+
  scale_fill_brewer(palette = "Set2") +
  xlab("Edad") +
  ylab("Número de casos sospechosos graves")
ggplotly(p_edad)
```

> Fuente: Elaboración propia con datos del Gobierno de la CDMX


### Número de casos sospechosos graves por Alcaldía

```{r}
p_alcaldia <- ggplot(s_grave,aes(x=alcaldia,fill=sexo))+
  geom_bar(position="dodge", alpha=.6, width=.6)+
  scale_fill_brewer(palette = "Set2") +
  theme(axis.text.x = element_text(angle=90)) +
  xlab("Alcaldía") +
  ylab("Casos sospechosos graves")
ggplotly(p_alcaldia)
```

> Fuente: Elaboración propia con datos del Gobierno de la CDMX


### Número de casos sospechosos graves con morbilidad

```{r}
p_morbilidades <- ggplot(s_grave,aes(x=morbilidades,fill=sexo))+
  geom_bar(position="dodge", alpha=.6, width=.6)+
  scale_fill_brewer(palette = "Set2") +
  xlab("Morbilidades") +
  ylab("Número de casos sospechosos graves")
ggplotly(p_morbilidades)
```

> Fuente: Elaboración propia con datos del Gobierno de la CDMX


Créditos
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Created by: Cesar Hernández

Correo: cghv94@outlook.es

Twitter: @[cghv94](https://twitter.com/cghv94)

Esta obra fue generada mediante R en `r format(Sys.Date(), format = "%B %d, %Y")` y está bajo una [licencia de Creative Commons, Attribution 4.0 International (CC BY 4.0)](https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/legalcode.es).

Creative Commons (CC).